W roku 1683 za szczególne zasługi dobra Czerniakowskie darowane zostały Herakliuszowi Lubomirskiemu, marszałkowi wielkiemu. Nowy dziedzic, uczony i nadzwyczaj pobożny, postanowił wznieść tutaj kościół i klasztor dla oo. bernardynów. I w r. 1691 założył kamień węgielny, a w trzy lata dzieło swoje ukończył. Otrzymawszy w czasie bytności w Rzymie, od Innocentego XI, kości św. Bonifacego męczennika, takowe roku 1694 z wielką uroczystością sprowadził do Czerniakowa i w tutejszym kościele pod ołtarzem umieścił. Od tego czasu odbywają się tu odpusty w dzień tego świętego t.j. 14 Maja; a warszawianie łącząc modlitwę z przechadzką, przez cały prawie miesiąc odwiedzają tutejszy kościół.
Projekt architektoniczny kościoła został wykonany przez nadwornego architekta Jana III Sobieskiego - Tylmana z Gameron. Sam kościół został wybudowany w latach 1690-1693 pod jego ogólnym kierownictwem przez Izydora Affaita.
